秦王朝建立伊始，秦始皇自称皇帝，处在政权金字塔的顶端，拥有至高无上的权力。国家的行政、财政、立法、司法、军事大权，都由他来掌握；所有官员的任免赏惩、生杀予夺的大权，都由他来操持。当然，为了行使这些权力，秦始皇承受着繁重的负担。各级官府处理各种事务，都要层层上报，最后报告给秦始皇，“上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息”《史记-秦始皇本纪》……秦始皇每天批阅的奏章，至少有120斤的简牍，连正常的作息时间都得不到保证。
在治理国家方面，秦始皇非常重视中央行政建制，设立丞相、御史大夫等高级职位，协助处理国家事务。丞相作为百官的首长，具体负责行政事务，包括参与朝政、主持朝议、封驳诏令、选用官吏、审计地方治绩等。御史大夫作为丞相的副手，主要负责监察百官，管理公文图册。秦朝未设太尉一职，秦始皇本人独揽军权。丞相、御史大夫之下设立诸卿，其中郎中令掌管宫殿门户，卫尉掌管宫门卫屯兵，中尉掌管京畿警卫，廷尉掌管司法事务，治粟内史掌管财政事务，少府掌管山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的需要，将作少府掌管修建宫室，典客掌管民族和外交事务，奉常掌管宗庙礼仪，宗正掌管皇室属籍，博士负责图书收藏。秦朝廷遇有重大问题，召集丞相、御史大夫与诸卿共同商议，由秦始皇亲自裁决。
在地方行政建制上，秦始皇采纳李斯的建议，彻底废除分封制，全面实行郡县制。起初全国共有36个郡，随着对周边地区的拓展，后来增加到48个郡。每个郡设立郡守，负责管理本郡事务，另有郡尉掌管军事，郡监（监御史）掌管监察。郡下辖若干县，有万户以上者设令，万户以下者设长，令、长管理本县事务，另有县尉掌管军事，县丞掌管司法。郡、县长吏都由朝廷任免，由此加强了中央集权。
秦朝地方行政机构，以县为基层单位，县以下是乡里组织。一县之内分若干乡，乡下设里，里有什伍。乡设三老、啬夫、游徼等职位。“三老掌教化，啬夫职听讼，收赋税，游徼徼循，禁贼盗”《汉书-百官公卿表》……里设里正，什有什长，伍有伍长，实行什伍连坐制度。此外还有亭，设在城市和地处要冲的乡里，直属于县尉，是乡的同级单位。亭设亭长，协助县尉管理治安。秦王朝依靠这些组织，管理和控制基层社会，以稳定整个国家。
秦始皇三十一年（前216年），即秦统一天下六年之后，秦始皇下令“使黔首自实田”《史记-秦始皇本纪》注引徐广语。，即命令土地私有者向官府呈报占有土地的数额，官府根据呈报的数额征收租税。这意味着在全国范围内承认土地私有权，从而正式确立了土地私有制。
为了统一征收租税，秦王朝采取统一货币、度量衡的政策。废除以往的各种货币，统一货币为两等：黄金为上币，以镒（折合20两）为单位；铜钱为下币，以半两为单位，制作圆形方孔。金币供皇帝赏赐之用，铜币主要作为流通媒介。废除以往的各种度量衡器具，以商鞅变法时确定的度量衡制度为标准，制作统一的标准器具，推行到全国各地，并且定期进行检测，以保证度量衡器具符合法定标准。这些措施的实行，对于建立新的经济秩序，促进社会经济的发展，起到了积极的作用。
秦始皇统一中国，除兼并山东六国之外，还包括对周边地区的拓展。当时，匈奴作为一个强悍的游牧民族，威胁着秦王朝北部边疆的安全。秦始皇二十九年（前218年），派蒙恬率领30万大军，准备反击匈奴。秦始皇三十二年（前215年），蒙恬集中优势兵力，穷追猛打，迅速收复了河南地（今河套地区），接着乘胜进军，又攻取了高阙、北假（在今内蒙古乌加河以北），在这里设置了九原郡（今内蒙古包头）。同时，秦朝廷迁移大批罪犯，来新设诸县屯戍。秦始皇三十六年（前211年），又下令迁移内地民众3万户，到北河、榆中地区定居。这一地区称作“新秦”。秦王朝大规模的移民实边，不仅有力地遏制了匈奴的侵扰，而且促进了西北边疆的开发。为了加强对匈奴的抵御，秦始皇三十四年（前213年），从全国征调大批民众和罪犯，配合戍边的军队，把以往秦、赵、燕三国的长城连接起来，筑成一条西起临洮、东至辽东的万里长城。
与匈奴相比较，当时东南和岭南地区散居着古老的越族，包括东瓯、闽越、南越、西瓯，合称“百越”。王翦灭掉楚国之后，率军挺进到东南地区，迅速平定了东瓯和闽越，在那里设置了会稽、闽中两郡。秦始皇三十三年（前214年），秦朝廷调集50万大军，派尉屠睢、任嚣、赵佗等人，分兵五路，征伐岭南地区。秦军进入南越之后，遭到越人顽强的抵抗，加上后勤补给困难，战事处于胶着状态。为了解决物资运输问题，秦始皇派监御史禄开凿灵渠（在今广西兴安），沟通了湘江和漓江之间的水道。秦军继续苦战，深入到西瓯地区。秦始皇三十三年（前214年），又征发尝逋亡人、赘婿和商人，投入到战争中去，终于平定了岭南地区，设立了南海、桂林、象三郡。后来，秦朝廷不断迁徙内地民众和罪犯，来到岭南地区驻守，从而加强了这里与内地的联系。
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